通过股权并购方式，从而获得房地产开发企业所拥有的土地使用权，是开发企业获得土地的较为通常的做法。但在此交易模式中，土地增值税是否应缴纳，争议较大。

     《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）指出：“鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。”

       该函为税务总局规范性文件，仅针对特定事项具有效力，不具备普遍的法律适用效力，同时，该函将股权转让直接认定为发生了土地使用权的转让，但因100%股权转让后，公司仍然存续，没有发生土地使用权的转移也就不应征收土地增值税。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条：“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。”，发生土地使用权转移，才能增收土地增值税，而该函将股权转让直接认定为发生了土地使用权的转让，但因100%股权转让后，公司仍然存续，没有发生土地使用权的转移也就不应征收土地增值税，该认定与上位法相抵触。同时，土地增值税的纳税义务人为转让方，在股权转让中，只有股权转让方和受让方，让股权转让方缴纳土地增值税是毫无依据的，而让公司来缴纳土地增值税，因公司不存在土地使用权转让收入，也不应成为纳税义务人。而且，就应纳税额而言，股权转让收入系以公司净资产为基础进行确定的，会考虑扣除公司的负债，与土地使用权转让收入不同，不应直接以股权转让收入确定应纳税额。

        因存在以上的法理、效力、执行等多方面争议，据笔者了解，该函未达到广泛适用。

       最高人民法院在（2016）最高法民终222号案中对此争议进行了认定：虽然公司在转让股权时，该公司的资产状况，包括建设用地使用权的价值，是决定股权转让价格的重要因素，但不等于公司在股权转让时只要有土地使用权，股权转让的性质就变成了土地使用权转让，进而认为其行为是名为股权转让实为土地使用权转让而无效。

       最后，由于转让股权和转让土地使用权是完全不同的行为，当股权发生转让时，目标公司并未发生国有土地使用权转让的应税行为，目标公司并不需要缴纳营业税和土地增值税。

       笔者最近全程参与了一例房地产企业股权并购并完成税款缴纳，税务机关并未按照上文提及的国税函[2000]687号征收土地增值税，从实务角度也证明了股权并购房地产开发企业不应缴纳土地增值税。

                                                                                                                                                                                                                     作者：刘姚